甘肃中医药大学心理咨询工作始于2003年3月，当时由社会科学部心理学教研室教师公益开展。2008年6月，学校成立大学生心理咨询中心，隶属于当时的经贸管理系（社会科学部），机构性质为业务科室机构。2016年12月，学校成立大学生心理健康教育与咨询中心，机构性质为独立设置的处级业务机构。2023年4月，整体并入党委学生工作部（处），但保留处级业务机构设置。

中心下设两个业务科室（心理健康教育科、心理咨询科）。现有专职兼职工作人员10人（专职3人、兼职7人）。其中，副教授3人，讲师7人；另有外聘的心理督导师1人，心理转介联系医生3人。现有师资队伍以中青年教师为主，拥有心理学、精神病学、教育学、社会工作等专业背景，长期在心理咨询一线工作，积累了较为丰富的工作经验，达到了教育部对高校心理健康教育工作的基本要求。

中心常年坚持心理咨询预约制度，周一至周五9：00—17：00开放心理咨询室，接受在校学生的心理咨询需求，同时开设有网络咨询和电话咨询业务。

除常规心理咨询外，还组织开展“大一新生心理健康测评、心理健康教育课程教学、心理健康学术讲座、心理健康系列宣传、院校两级心理健康委员培训、班级主题心理班会、心理剧表演、心理健康知识竞赛”等活动。